היום בישראל מספר קבוצות סובלות מאפליה חברתית ומוסדית אך הקבוצה שסובלת באופן הברור ביותר היא פלסטינים תושבי מדינת ישראל. היכולת שלהם לפעול באופן קולקטיבי למען זכויות אדם וזכויותיהם כמיעוט בישראל נמצאת תחת מתקפה מצד ממשלות ישראל.

האפליה כנגד ערבים ישראלים הינה אפליה צולבת המשלבת גם אפליה ישירה וגם עקיפה: מצד אחד, ישנה הבחנה מפורשת בחוקי המדינה בתחומים שונים בין יהודים לערבים תושבי ישראל ויצירה של אפליה ישירה דה-יורה; חוק הלאום וחוק קמיניץ הן הדוגמאות הבולטות ביותר מהשנים האחרונות. מאידך, אזרחי ישראל הפלסטינים סובלים מאפליה עקיפה שמתבטאת בכך שלמרות שפרקטיקות או חוקים מסוימים אסורים או מוצגים במונחים ניטרליים ללא הבחנה גזענית מפורשת, הם עדיין סובלים מקיפוח לא פרופורציונלי, לעיתים נסתר.

לאורך השנים, ממשלות ישראל פוגעות באופן חמור בחופש הביטוי והמחאה כמו כן גם בחופש ההתאגדות של ארגונים ואינדיבידואלים פלסטינים ישראלים. שתי החירויות המהותיות האלה הן אבני יסוד במדינה דמוקרטית לקבוצת הרוב הדמוגרפי אך גם לקבוצת מיעוט. באופן שבו מתנהלת כיום המדיניות הציבורית הישראלית כלפי החברה הפלסטינית ישנה סכנה ממשית על קיומה כחברה חופשית והיותה של ישראל מדינה דמוקרטית.